Pueblos Indios de Querétaro es una muestra de objetos e historia acerca de nuestros pueblos indígenas.

Sala Querétaro Prehispánico es la primer exposición con la que se inicia el recorrido del Muse Regional, donde se describe la historia prehispánica del estado.

En Querétaro Virreinal conocerás la organización social y religiosa que impusieron los conquistadores españoles a los grupos indígenas de la región, así como la mezcla racial y cultural del México actual.

Querétaro en la Historia Mexicana da a conocer el proceso de construcción de la identidad nacional, las consecuencias de la Guerra de independencia y las amenazas extranjeras hacia México. Muestra también el transcendente papel que jugó Querétaro como tumba del segundo imperio e incubadora de la Constitución de 1917.

En la Sala Magna se encuentra la colección de obras de arte del siglo XVI al XIX.

Sala del Sitio se puede conocer el desarrollo histórico del convento mediante la relación de sus usos y aspectos constructivos, así como la importancia que tuvo en el desarrollo de Querétaro y la región.